En 2199, l'Ordre Planétaire qui a imposé des lois strictes à ses habitants ne peut plus faire face à la menace qui vient du corps même des hommes.

Dans la forêt de Dean, une petite survit seule, terrifiée qu'être victime du même sort que ses parents.

À quelques centaines de kilomètres de là, dans l'Académie des Ombres, un centre qui regroupe les enfants dont les dons particuliers en font des proies pour le gouvernement, Lena et Neil se retrouvent investis d'une mission un peu spéciale. La trouveuse exilée doit s'associer à l'archiviste misanthrope pour retrouver un élément mystérieux qui pourrait sauver l'humanité.